UiB har utvida tungrekneressursane for å styrke bruken av vitskaplege berekningar ytterlegare. Anlegget står til disposisjon for fleire miljø med trong for store rekneressursar.
Den nye maskina vart innvia med eit miniseminar ved Bergen Center for Computational Science (BCCS), der ulike brukargrupper orienterte om korleis dei brukar tungrekneressursar i forskinga. Det nye anlegget er ei klyngeløysing av typen IBM e1350. Den førre superdatamaskina ved UiB, ein IBM Regatta p690, kom i bruk for vel to år sidan. Planen er at den skal skiftast ut i 2006, men då vil ein gå for andre løysingar som er meir tilpassa arbeidet som skal utførast. Forskingsdirektør ved BCCS, Petter E. Bjørstad, peika på at det kan sjå ut som vi ser enden på det tidsrommet der Moores lov gjeld. ”Lova” seier at prosessorkraft blir fordobla kvar 18. månad. Det har stemt bra så langt, men kan sjølvsagt ikkje gjelde i det uendelege.
– Når vi ikkje lenger kan vente på stadig raskare maskiner, vil algoritmar og metodar bli viktigare. Til gjengjeld slepp kanskje du og eg å byte ut pc-en heile tida, sa Bjørstad.
Tilsvarar 170 pc-ar
Den nye supercomputeren har ei yteevne tilsvarande om lag 170 moderne pc-ar. Målgrupper for tungrekneressursane ved BCCS er miljø som bioinformatikk, fysikk, kjemi og klimaforsking. Også Havforskingsinstituttet, Nansensenteret og CMR nyttar seg av rekneressursane ved BCCS. Bjerknessenteret er mellom dei store brukarane.
– Framskriving av klimatrendar er sterkt knytt til tungrekneressursar, sa forskar Nils-Gunnar Kvamstø, som leier forskingsgruppa for utvekslingsprosessar mellom hav og atmosfære ved høge breiddegrader.
Han forklarte kvifor klimamodellering er avhengig av reknekraft:
– I dei globale klimamodellane diskretiserer vi hav og atmosfære. Typisk er det 40 vertikale lag i hav og atmosfære, og jordoverflata blir delt opp i ruter på 2 grader. Så løyser ein likningane som beskriv tilstanden for kvar rute. Det blir ei formidabel mengd likningar, og vil vi ha høgare oppløysing i nokre område, krev det enno større datakraft. Ein 300 års integrasjon med ein slik modell, krev om lag to månader å rekne ut.
Flodbølgje av data
Nathalie Reuter, gruppeleiar ved BCCS-eininga Computational Biology Unit (CBU), kunne rapportere om dei same utfordringane.
– I arbeidet vårt prøver vi å modellere og å predikere korleis protein og enzym er involverte i stoffskifteprosessane. Spesielt er vi interesserte i 3D-strukturen til proteinet: Korleis strukturen blir danna, og kvifor. Med den flodbølgja av data som skyl over oss, er det reknekapasiteten som er avgjerande for kva vi oppnår, sa ho.
Etter seminaret kunne dei som ville, ta vedunderet i augesyn med hjelp frå overingeniør Jan-Frode Myklebust, som har hatt ansvaret for å sette opp maskina. Han fortalde at det var på høg tid at ein fekk utvida rekneressursane.
– Det siste året har vi køyrt med full last kontinuerleg, sa han.