FUGE-plattformer under utbygging
Hovudfristen for å søke midlar gjennom Forskningsrådet til prosjekt tilknytta FUGE-programmet, går ut 15. juni. Søknadane skal knyte seg opp mot ei av dei nasjonale teknologiplattformene til FUGE. Fire av desse held hus ved UiB.
For 2003 har regjeringa sett av 150 millionar kroner til funksjonell genomforsking i Norge (FUGE). Om lag 40 av desse millionane vil vere tilgjengelege for prosjekt med oppstart i 2003. Funksjonell genomforsking nyttar avansert teknologi til å finne ut kva funksjon dei einskilde genane og proteina har, og korleis dei verkar på kvarandre.
Nyleg vart dei nasjonale FUGE-teknologiplattformene presenterte på eit møte i Bergen. Desse plattformene er ein grunnleggjande del av FUGE-satsinga, og etableringa av dei var hovudfokus i oppstartåret 2002. No skal FUGE vidareførast gjennom prosjekt knytta til desse plattformene.
– Ei teknologiplattform har ansvar for å byggje opp ein spesiell type teknologi som kan nyttast innanfor den funksjonelle genomforskinga i Norge. Ideen er ei arbeidsdeling der forskarar kan hente spesielle tenester frå plattformene, seier Inge Jonassen, førsteamanuensis ved Institutt for informatikk og leiar for Computational Biology Unit (CBU), eit forskingssenter for bioinformatikk ved UiB. CBU koordinerer den norske bioinformatikkplattforma, som i tillegg består av miljø ved NTNU og UiO.
Datagruvedrift
– Funksjonell genomforsking brukar teknikkar som ser på mange genar på ein gong, og som produserer mykje data. Datamengdene må organiserast og analyserast ved hjelp av datamaskiner, og ein må kunne samkøyre data frå ulike kjelder. Det gjeld å finne mønster i materialet, kanskje finne samanhengar mellom ulike typer genar, som ein ikkje visste om i utgangspunktet. Eller statistisk samanheng mellom genvariantar og sjukdommar, til dømes. Vi vil utvikle verktøy for å analysere data, databasar for å ta vare på data, og gjere praktiske analyser i samarbeid med brukarane og med andre teknologiplattformer, forklarer Jonassen.
No før søknadsfristen for FUGE-midlane har CBU hatt kontakt med fleire ulike aktørar som har større prosjekt der det er behov for bioinformatikk som ein støttefunksjon. Senteret er organisert under UNIFOB som ein del av Bergen Centre for Computational Science, og er såleis del av eit miljø som har stor kompetanse på reknekraft.
– Vår oppgåve er kanskje litt diffus samanlikna med ein del av dei andre teknologiplattformene, som har meir konkrete produkt å tilby. Målet vårt er å byggje opp kompetanse som kan nyttast til framtidige prosjekt, samstundes som vi vil dekke dagens behov for bioinformatikkverktøy. Vi skal både bidra med forskarutdanning og med praktisk analyse direkte i prosjektarbeid. Innanfor FUGE skal vi stå til teneste for norske forskarar, men vi har også internasjonale prosjekt gåande, seier Jonassen.
Mål om næringsutvikling
FUGE-satsinga skal evaluerast i 2007, og hovudmålsettinga er ein markert kvalitetsauke innan funksjonell genomforsking, som også skal bidra til å styrke innovasjon og næringsutvikling. Minimum 10% av totalinnsatsen i den fem år lange funksjonsperioden til FUGE skal vere retta mot næringsutvikling basert på funksjonell genomforsking.
– I dag er CBU finansiert delvis gjennom FUGE og delvis gjennom UiB, men målet er å opparbeide ei prosjektportefølje som gjer at det kan gå for eiga maskin i framtida. Så langt ser det lovande ut, vi har hatt ein god del pågang. Det er ein viss skoleringsprosess involvert her, når det gjeld å få biologar og medisinarar til å tenkje litt meir informatikk. Dei er ofte ikkje lært opp til det. I starten tek det alltid ein del tid for folk frå ulike fagfelt å forstå kvarandre, men det er ein del av utfordringa, meiner Jonassen.
CBU vart etablert 1. januar 2003, og er framleis i oppbyggingsfasen. Ei forskingsgruppe er på plass, og tre nye grupper skal rekrutterast i løpet av året eller neste år, ei av dei i samarbeid med SARS-senteret.
Fleire UiB-plattformer
Tre andre teknologiplattformer er tilknytta UiB. PROBE (The Norwegian Proteomics Centre) er basert ved Institutt for anatomi og cellebiologi, og tilbyr massespektrometrianalyse av proteinprøver, og laboratoriefasilitetar for slik analyse. PROBE har også som mål å vere ein nasjonal ressurs for utdanning innan proteomikk, og gjestelaboratorium for forskarar frå andre delar av landet.
Molecular Imaging Center er også tilknytta Institutt for anatomi og cellebiologi, i samarbeid med NTNU. Senteret skal utvikle og etablere bildeteknologi for å analysere celler, vev og organismar, og gje opplæring og assistanse til norske forskarar.
The Norwegian Microarray Consortium (NMC) er eit samarbeidsprosjekt mellom UiB, NTNU og UiO/Radiumhospitalet. NMC tilbyr mikromatriser og relaterte kurs, tenester og laboratoriefasilitetar til norske forskingsmiljø.