I mars ble UiBs nye superdatamaskinen installert i Datablokken ved Høyteknologisenteret. En uke senere var den i full bruk. Det er fem år siden forrige gang UiB gikk til innkjøp av en datamaskin av denne størrelsen og mye har skjedd siden 2007. Modellen til UiB er nå Norges kraftigste.
– Det er viktig at forskere har datamaskiner og regneverktøy som er på høyde med det de i andre land har. Skal man henge med på internasjonal forskning må man også henge med på utstyrsfronten, sier instituttleder Petter E. Bjørstad ved Institutt for informatikk,
Firedoblet
Den nye kraftpluggen har 16 kjerner per brikke mot fire på maskinen fra 2007. Den er både mindre og mer energieffektiv. Til sammen byr superdatamaskinen på 22 272 beregningskjerner mot 5 500 i den gamle, og en klokkefrekvens på 2,3 GHz per regneenhet lik den i 2007. Vi snakker altså om en firedoblet kapasitet. Så mye datakraft kan ikke utnyttes fullt ut bare ved å skru på en knapp.
– Det viktige er at kjernene kan brukes i samspill. Hvis ikke har de lite for seg. Forskerne må sette opp regnestykker slik at mange regnekjerner samarbeider om en oppgave. Når en kjerne har gjort et regnearbeid så skal gjerne dette delsvaret sendes et annet sted for å regnes på videre, og denne kommunikasjonen må være effektiv, sier Bjørstad.
Hele UiB
Institutt for informatikk huser riktignok maskinen og driver den i samarbeid med Uni Computing, men nytten av maskinkraften får de i stor grad andre steder på universitetet. Bjørnstad nevner spesielt klimaforskningens utarbeiding av klimaprognoser som en svært ressurskrevende oppgave.
En av forskerne som har glede av raskere regneverktøy er Nathalie Reuter, som driver med såkalt computational biology (beregningsbiologi) ved Molekylærbiologisk institutt. Hun leder en gruppe som jobber med molekylær modellering av proteiner, arbeid som i det lange løp kan gi grunnlag for nye medisiner mot alvorlige sykdomer. Der er ny maskinvare gull verdt.
– Det utgjør en stor forskjell for oss. Vi jobber med å simulere det som skjer i et laboratorium, og det krever veldige mengder ressurser, sier Reuter.
Artikkelen fortsetter under bildet.Nathalie Reuter viser fram en modell av et protein og et cellemembran som har blitt laget med hjelp av superdatamaskinen. – En slik oppgave krever minst 500 prosessorkjerner over et par uker, sier hun. (Foto: Matias Helgheim)
En million timer
Arbeidet i laboratoriumet og ved dataen komplimenterer hverandre, mener Reuter. Hennes arbeid er helt avhengig av at dataressursene er moderne.
– Noen ting er bare ikke mulig å gjøre i et laboratorium. Desto mer beregningstid datamaskinen har jo nærmere kommer vi laboratorietilstanden.
For den nye maskinen har Reuter søkt om en million regnetimer til gruppens beregninger. Med én regnekjerne, som i den første supermaskinen ved UiB, ville det tatt over hundre år.
Artikkelen fortsetter under bildet.Instituttleder Bjørstad peker på grafen som viser utviklingen for supermaskiner ved UiB. Den går stødig oppover, i takt med Moore’s lov om økning av antall transistorer på en brikke. (Foto: Matias Helgheim)
Kostbar
Supermaskiner koster mye penger. Regnestykket kompliseres av vedlikeholdskostnader og annet som inkluderes i pakken, men en maskin av typen UiB nå har fått vil koste rundt 20-30 millioner kroner. Det er en selvsagt investering når man ser på det store bildet, mener Bjørstad, som har vært sentral i anskaffelse og drift av superdatamaskiner ved UiB siden han begynte i 1985.
– Hvis datamaskinen bare ble brukt ett sted kunne man ikke forsvart kostnaden, men bruken distribueres til varierte formål og maskinen fungerer som en infrastruktur for vitenskaplig arbeid generelt. Før trengte man kanskje et laboratorium per professor, nå kan man simulere tusenvis av cases på dataen og sparer utrolig mye på det, sier han.
